X档案关闭后,穆德(David Duchovny 大卫•杜楚尼 饰)和斯科莉(Gillian Anderson 吉莲•安德森 饰)被分开,穆德受命执行监听工作,斯科莉则回到学院读书,某日国会议员麦特森(Raymond J. Barry 饰)向穆德透露一条消息,称在波多黎各接收到外星人的电讯,为了在特种部队之前找到外星人的证据,穆德只身前往,得知消息的斯科莉赶到穆德住处,从电脑中的旅客名单中找到线索,尾随来到波多黎各。
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